1、支持治疗按肠道传染病隔离，症状严重者应住院治疗。病人因严重腹泻可引起和电解质平衡紊乱，必须注意纠正。免疫功能低下者应加强支持治疗。发作期间避免食用含脂肪及乳糖较多的食物，有助于缓解症状。
2、病原治疗至今尚无疗效确切的抗隐孢子虫的药物，认为有一定疗效的药物为螺旋霉素、克林霉素、阿奇霉素、大蒜素等。有人使用螺旋霉素治疗重症患者，可缓解病情，减轻腹泻，但不能避免复发。成人用量2—4g/d儿童每日50—100mg/kg，7—10d为一疗程。大蒜素儿童20mg/次，每日3次，成人40mg/次，每日4次，疗程7—10d.
3、免疫治疗，在有免疫功能损害的隐孢子虫病人，尽可能重建其免疫功能是治疗成功的关键。有人曾使用高效价免疫牛的初乳，治疗艾滋病并发隐孢子虫的病人，症状有所缓解，但疗效尚未肯定。预后隐孢子病的预后和病人的免疫功能状态有密切关系。免疫功能正常者，病程有自限性，预后好。免疫功能有缺陷者，病情较重，病程迁延，很难彻底清除虫体。在艾滋病人中，隐孢子虫病常是难以控制的，并最终可导致病人死亡。
