根据临床表现和原有疾病症状一般可以诊断直肠阴道瘘，但对于瘘口的位置需准确定位以便于确定治疗方案。对于瘘口的位置应以探针插入瘘口探其走行；或在直肠镜下观察；必要时行瘘管造影以确定瘘口的位置。在阴道内放置纱布，直肠内注入美蓝10cm几分钟后取出纱布观察是否蓝染可确定有无阴道瘘。
直肠阴道瘘临床表现为从轻度溢粪到显著溢粪不等，瘘口小或肛门狭窄或肛门闭锁时则表现为慢性不完全性肠梗阻，在出生后数日甚至数月或2～3岁后，小儿发生排便困难，有顽固的大便秘结有时必须灌肠或用泻剂才能排便，若瘘口很大则无梗阻症状但有排便位置异常、排便疼痛和粪便变形症状。
