尽管曾在大量感染后有极少数的死亡报道，但急性原发性组织胞浆菌病几乎都是自限性的。慢性空洞性组织胞浆菌病死亡由严重呼吸功能不全所致。未加治疗的进行性弥散性组织胞浆菌病死亡率＞90%，并且常因误诊所致，因为症状和体征是非特异性的，特别是艾滋病人，常很快发展成为致命性感染。
除罕见的严重肺炎外，急性原发性组织胞浆菌病一般不需进行抗真菌治疗。对慢性型治疗可使组织胞浆菌培养转阴，病程变慢或停止，但不能改善纤维化病变。两性霉素B或伊曲康唑对本病有效，但复发常见。治疗严重的弥散性病例首选两性霉素B，较轻型病例可选用伊曲康唑。对有艾滋病的患者，由于最佳的治疗持续时间不清楚，因此，可用伊曲康唑进行无限期的治疗以防止复发。氟康唑疗效较差。间歇性静脉注射两性霉素B可用于对唑类药物不耐受的艾滋病人的长期抑制疗法。
