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骨的原发性淋巴瘤的病程多变，缓慢且隐袭，即使于治疗后10年也难以判断其预后。5年生存率于骨的原发性淋巴瘤中无太大意义，即使在化疗应用以前，其5年生存率也可达到40%～50%，但其10年生存率只有30%左右，联用化疗后，其10年生存率已提高到了60%～80%，其预后较尤文氏肉瘤的好。
提示预示不良的因素是骨内病变的范围大、位于躯干骨或骨盆者。有时，骨的原发性淋巴瘤可在放疗区内复发。少数病例可于放疗后数年于同一部位出现放射性肉瘤。
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