临床中发现，手术切除肝肿瘤前AFP超高者，手术切除后都会明显降低，甚至降为阴性，部分病人介入后AFP也会相应下降，由此可见，在治疗中AFP下降，可以认定为前期治疗有效。但无论如何治疗，大多数患者的AFP都不可能转为阴性，这也许与肝损伤有一定关系。
临床上也有些病人肿瘤缩小了，AFP仍在增加；有些病人肿瘤增大了，但AFP又在降低。临床上，AFP过高仍不能说明病情特别重或恶性程度特别高，AFP很低甚至于阴性，也不能说明病情不重，在大量的临床中发现，肝癌病人中的AFP并没有固定的规律性，大多数AFP阳性的病人在治疗中，AFP仍只能保持在一定的范围内，几乎不能转阴。
另外说一点：影响AFP数值的另一个因素就是操作人员的技术差异或粗心，了解化验操作的人都知道，在滴定中，有时多滴一两滴少滴一两滴，若不是相当注意和经验丰富，往往看不出什么误差，但计数时误差就大了，由此可见，目前临床上AFP就只能作为医生诊断时的一个普通参考值，并不是相当重要。治疗过程中AFP出现100-200的数值误差也属正常现象，并不能说明病情又起什么变化，临床检验疗效，应与CT或B超检查肿瘤的大小变化为准。
