本病的内科治疗原则及用药和溃疡性结肠炎大致相同。
一、一般治疗 有活动期病变者宜卧床休息，给高热量、易消化、富营养饮食。严重病人应予补液，纠正脱水和电解质平衡失调，静脉高营养疗法或鼻饲要素饮食。
二、水杨酸偶氮磺胺吡啶 对本病有一定疗效，用法参照溃疡性结肠炎。
三、肾上腺糖皮质激素 适用于本病的活动期，对控制症状有效。
四、其他 为控制肠道继发感染要选用氨苄青霉素等，针对肠道厌氧菌感染可给甲硝唑。
五、手术治疗 故手术适应证限于肠穿孔、完全性肠梗阻、下消化道大出血、瘘管及脓肿形成，经内科治疗无效的中毒巨结肠及疑有结肠癌等。
本病经治疗后可好转或自行缓解。但多数病人迁延不愈，反复发作，预后不佳。
