起病突然，发展迅速，潜伏期短，感染即可发病。角膜刺激症状剧烈，分泌物多，视力下降。球结膜高度水肿，明显充血。角膜基质可迅速遭到破坏和穿孔。感染早期，在角膜中央有小面积灰黄色的浸润、隆起，周围及深部基质有弥漫性水肿，继而很快形成圆、半环形或环形的半透明油质状的灰白色坏死区；坏死组织富有粘性，可迅速脱落形成溃疡。溃疡周围有环形浸润包绕，从而割断了病变区与角膜缘血管网的联系；加上嗜中性白细胞的侵入和由于绿脓杆菌在角膜内产生的胶原酶对胶原纤维的破坏，可使角膜基质进一步加速坏死。新的研究资料提出，绿脓杆菌破坏角膜的蛋白酶是蛋白糖苷溶解酶。它的降解可使胶原纤维离散，从而使角膜液化，可在1－2天内造成整个角膜坏死和穿孔。最终因眼内炎甚至全眼球炎而失明。
