IgA肾病的发病机制目前尚不完全清楚。由于IgA肾病免疫荧光检查以IgA和C3在系膜区的沉积为主，提示本病可能是由于循环中的免疫复合物在肾脏内沉积，激活了补体系统导致肾脏损害。由于肾脏沉积的IgA为多聚体IgAl，而多聚体IgAl主要来自粘膜免疫系统，I晦床上IgA肾病同呼吸系统和消化系统疾病的发作密切相关，提示IgA肾病与粘膜免疫系统疾病有关。在患者的外周血及骨髓中发现分泌IgA的B细胞增多，进一步支持上述的推测。但是，IgA肾病患者血清中多聚体IgAl仅有轻度增高，而IgA型的骨髓瘤和艾滋病（AIDS）等患者，循环中有很高水平的IgA，并不发生IgA肾病。上述结果提示还不能肯定IgA肾病就是一个免疫复合物疾病，也并不完全依赖于循环中IgA的增高。
近年来的研究发现，IgA肾病的病因不仅是IgA数量的异常，而且可能还与其分子结构本身的异常有关。人类血清IgAl分子重链的铰链区域中含有5个丝氨酸残基结构，但IgA肾病患者与IgAl分子结合的位点少于正常人，提示在IgA肾病患者存在IgAl分子清除减少，也是导致IgA1在肾脏异常沉积的重要原因。
