土壤受污染后，在多种因素作用下，经过一定时间病原体可以死灭，各种有害物质可以转化到无害的程度，土壤可逐步恢复到正常状态，这一过程称为土壤的自净。
（一）土壤的吸附作用和滤过作用
土壤颗粒有吸附和滤过作用。所以，各种污染物绝大部分被阻留和吸附在土壤的表层。土壤颗粒越细，吸附和滤过作用越强，腐殖质的吸附作用最强。土壤还可吸附和阻留各种化合物、有机质、细菌、毒气以及重金属等。
（二）病原体的死灭
土壤中的病原体，由于环境的不利、生物间的拮抗以及噬菌体的作用等而死亡。一般病原菌进入土壤后，在几小时至几个月内死亡，有芽孢的细菌可存活数年，蛔虫卵可存活一年左右，这与土壤类型和气候条件等有关。
