手术治疗的原则是清除所有炎症和坏死的组织。根据不同的部位，用适当的方法确切闭合穿孔；矫正并除去食管穿孔远侧梗阻。当损伤发生在食管梗阻的近段或在梗阻的部位，或当诊断过晚（一般＞24h），直接修补损伤的食管则是禁忌的。而防止继续污染纵隔及胸膜腔和维持营养则是非常重要的。
手术治疗的入路依穿孔的部位而不同。
（1）颈部穿孔：小的颈部食管穿孔，处理上往往仅需要在穿孔的旁边放一引流，瘘口即可自己闭合，而不必做进一步手术处理。引流的方法是延胸锁乳突肌的前缘做纵行切口，在颈内动静脉的前方直接显露食管，放入软橡皮片引流，并从切口下方另戳孔引出，在颈椎前水平应用钝性剥离，因为在这个部位的穿孔，如果处理不当，可使穿孔向纵隔方向扩展，并使感染进入纵隔。
（2）胸部穿孔：食管中上段穿孔时可经4、5肋间进胸腔，下段穿孔则经6，7肋间进胸腔，如没有胸腔污染，中上段从右侧开胸，下段从左侧开胸，根据食管破入哪一侧胸腔时，则应从哪一侧开胸，以便于手术处理。
（3）腹部穿孔：腹部穿孔如果胸腔没有污染，手术控查可直接经上腹部正中切口进行。不论穿孔在什么部位，显露食管后，可通过食管内的导管向食管腔内注入亚甲蓝或注入气体来确定穿孔的部位。
