切口的选择：食管肌层切开术的进入途径，有经胸入路和经腹入路两种，有时经胸入路较好，有时经腹入路两种，有时两者皆宜。正确地选择切口对手术的成功非常的重要。
①经胸入路：经胸切口对暴露贲门比腹部切口好，切开及剥离肌层比较容易而且充分，可作范围长的肌切开术，肌层的上段切口不受限制，损伤粘膜的机会少，尤其对食管下端颜痕组织多而脆弱者，膈食管裂孔不受损伤，可避免术后膈疝的发生，而且可更广泛地选择合适的抗返流技术，同时还可对合并的疾病如食管平滑肌瘤、憩室及癌等施行手术治疗。
②经腹入路：腹部切口有操作简单、损伤小和术后恢复快等优点，对老年和体弱和病人经腹部途径危险性小，操作也较快，还可对腹部进行检查，如有病变可一并施行手术治疗。缺点是暴露问题尤其结肥胖的病人。需要在贲门区进行广泛解剖不能提供足够的视野，由于肌层的上段切口受到限制，不得不进行贲门部的解剖，贲门结构受到破坏，可能发生返流，因此必须考虑行Nissen胃底折叠术抗返流，然而在失弛缓症食管蠕动缺乏的情况下，全胃底折叠术所形成的阻塞又太过分了。
