激素治疗无效，或激素依赖型或反复发作型，因不能耐受激素的副作用而难以继续用药的肾病综合征可以试用细胞毒药物治疗。由于此类药物多有性腺毒性、降低人体抵抗力及诱发肿瘤的危险，因此，在用药指征及疗程上应慎重掌握。如局灶节段性肾小球肾炎对细胞毒药物反应很差，故不应选用。目前临床上常用的此类药物中，环磷酰胺（CTX）和苯丁酸氮介（CB1348）疗效最可靠。CTX的剂量为2～3mg／（kg·d），疗程8周，当累积总量超过300mg/kg时易发生性腺毒性。苯丁酸氮介0.1mg/（kg·d），分3次口服，疗程8周，累积总量达7～8mg/kg则易发生毒性副作用。对用药后缓解又重新复发者多不主张进行第二次用药，以免中毒。对狼疮性肾炎、膜性肾炎引起的肾病综合征，有人主张选用CTX冲击治疗，剂量为12mg～20mg／（kg·次），每周一次，连用5～6次，以后按病人的耐受情况延长用药间隙期，总用药剂量可达9～12g.冲击治疗目的为减少激素用量，降低感染并发症并提高疗效，但应根据肾小球滤过功能选择剂量或忌用。