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真菌培养可确诊。但如从痰液、脓或尿样直接检出有特征性的厚壁无包被酵母菌，直径>8~15μm的宽基芽体也几乎可确诊。用Gomori乌托品银染色、Gridley或PAS染色进行组织病理学检查，可以与新生隐球菌区别，后者比皮炎芽生菌小，基部较窄，有包被形成，，可被Mayer粘蛋白卡红染色或Masson-Fontana黑色素检测法检测。皮炎芽生菌病患者与组织胞浆菌抗原有交叉阳性反应，试验的敏感性不肯定。无其他血清学或皮肤试验可用于该病诊断。
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