胚胎学与生物化学之间的边缘学科，研究动物胚胎发育的化学基础。化学胚胎学的兴起是实验胚胎学对发育机制进行理化分析的必然结果。当前化学胚胎学的发展趋势是深入到分子水平来探讨卵子成熟、受精、胚胎的生长、分化和形态发生的机制。因此，它又正在演变为分子胚胎学。
　　动物胚胎发育的化学方面的研究肇源于J.洛布对海胆受精和单性生殖的理化分析。1931年J.李约瑟之《化学胚胎学》系统地阐述了化学胚胎学的研究对象和方法，并总结了有关胚胎的化学组成、营养和代谢等方面的大量资料，建立了初步的学科体系，但主要内容多限于胚胎发育的化学方面。
　　化学胚胎学的发展大致可分为3个时期：
　　①第二次世界大战前的初期研究中，卵和胚胎只是被生化学家看成是研究某些问题的方便材料，很少涉及胚胎的形态发生问题。在对胚胎和低等无脊椎动物再生过程的呼吸代谢研究基础上，提出了代谢轴级学说来解释卵的极性和发育图式，可以说是从生化方面寻找形态发生原因的初步尝试。
　　②“组织者”和胚胎诱导现象的发现，给予化学胚胎学的发展很大的推动(见胚胎诱导作用)。40年代初期探寻“形态发生激素”的热潮，使化学胚胎学进入到把生化研究和形态发生研究相互联系起来的时期。J.李约瑟的第二本书《生物化学和形态发生》(1942)中，提出的3个问题，即形态构造的生物大分子基础,胚胎发育中的化学变化以及“形态发生激素”的化学本质，是此后20多年研究的主题。此外，J.布拉谢用细胞化学方法研究卵子发生、成熟、受精和早期胚胎发育中核糖核酸与细胞的生长、分化、蛋白质合成的关系，使胚胎化学和细胞学结合起来,对这一时期的发展也有很大的影响。他的《化学胚胎学》(1944)和《发育的生物化学》(1960)两部著作，是对60年代以前的研究成果的总结。