目前仍以手术摘除扁桃体为主要治疗方法。但要合理掌握适应症，避免任意切除扁桃体使呼吸道抗感染免疫功能低下，出现免疫监视障碍，何况手术并非绝对安全，有时还可有后遗症如咽部发干、疼痛、不适等症状。只有对于那些炎症已呈不可逆性病变时才考虑手术治疗。根据免疫学观点，慢性
扁桃体炎属“感染—变态反应状态”，且常由链球菌感染引起，故治疗不应仅限于局部用药，全身用抗生素或手术切除，还应将免疫疗法和抗变应性措施考虑在内，包括使用脱和敏作用的细菌制品（如用链球菌变应原和疫苗进行脱敏），以及各种增强免疫力的药物，如注射胎盘球蛋白、转移因子等。
