泌尿道真菌感染主要影响膀胱和肾。最常见的病因为念珠菌种，其为人类的正常共生菌，经常从口腔，胃肠道，阴道和损伤的皮肤中找到。然而，所有的致病真菌（如新型隐球菌，曲霉菌种，毛霉菌种，组织胞浆菌，芽生菌，球孢子菌）可作为全身性或播散性真菌感染的一部分感染肾脏。
念珠菌下尿路感染主要是因为局部尿路导尿管。一般，虽然念珠菌和细菌感染经常同时发生，但大多数Foley导尿管有关真菌感染随着菌尿及抗生素治疗后。
肾念珠菌病通常是血源性播散，常从胃肠道起源。从肾造口术的导管上行感染，其他长期留置物，支架亦会发生。高危病人是那些患肿瘤，艾滋病，化疗或用免疫抑制药物后免疫功能受损者。这类病人中念珠菌血症的主要院内感染来源是血管内留置导管。肾移植增加了真菌感染的危险性，因为其有留置导尿管，支架，抗生素，吻合漏，梗阻和免疫抑制治疗。
