程序文件主要是对完成各项质量活动的方法和过程进行具体描述，确保这些活动可以按照既定的标准和要求执行。它详细规定了实施特定任务的具体步骤、责任分配、所需资源以及如何记录和报告结果等。在临床实验室质量管理中，程序文件通常属于第二层文件，位于质量手册之下，作业指导书之上。质量手册概述了整个质量管理体系的结构和政策，而程序文件则提供了具体操作层面的指引，确保所有工作人员都能按照统一的标准执行任务。
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