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尚未清楚，可能与多种因素有关。目前认为，IBS的病理生理学基础主要是胃肠动力学异常和内脏感觉异常，而造成这些变化的机制则尚未阐明。据认为精神心理障碍是IBS发病的重要因素。
一、胃肠动力学异常
在生理状况下，结肠的基础电节律为慢波频率6次/分钟，IBS以便秘、腹痛为主者3次/分钟慢波频率明显增加医学教育|网原创。
二、内脏感知异常
直肠气囊充气试验表明，IBS患者充气疼痛阈明显低于对照组。
三、精神因素
心理应激对胃肠运动有明显影响。大量调查表明，IBS患者存在个性异常，焦虑、抑郁积分显著高于正常人，应激事件发生频率亦高于正常人。
四、其他
约1/3患者对某些食物不耐受而诱发症状加重。部分患者IBS症状发生于肠道感染治愈之后。近些年来的研究表明，该病可能与肠粘膜的低度炎症有关，如肥大细胞脱颗粒，炎症介质高表达等等。
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