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最常见的是革兰阴性杆菌。主要为大肠埃希菌；大肠埃希菌最常见于无症状性细菌尿、非复杂性尿路感染，或首次发生的尿路感染。
医院内感染、复杂性或复发性尿感、尿路器械检查后发生的尿感，则多为肠球菌等。
变形杆菌——伴有尿路结石者
铜绿假单胞菌——尿路器械检查后
金黄色葡萄球菌——血源性尿感
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