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典型的肺炎克雷伯菌肺炎常发生于中老年男性、长期饮酒的慢性支气管肺病患者，有较典型的临床表现和X线征象，结合痰培养结果，不难诊断。但在有严重原发疾病基础上的发病者，临床表现多不典型，诊断较为困难。凡在原有疾病过程中出现高热、白细胞和中性粒细胞增多，X线胸片上出现新的浸润病灶，而青霉素治疗无效者应考虑本病。连续两次或两次以上痰培养阳性，或胸水、血培养阳性可以确诊。
多数败血症患者的白细胞总数明显增多，嗜中性粒细胞增高，但血液病患者或用抗代谢药物者白细胞数可不增加，或反有减少。其他如尿路感染及脑膜炎患者的尿液及脑脊液均有相应变化。确诊应根据细菌培养结果。
鼻硬结克雷伯菌所致慢性肉芽肿性硬结症，活组织检査中找到Mikulicz细胞具确诊价值。
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