BCR-ABL融合基因在慢性粒细胞白血病（CML）的发展中起着关键作用。这个融合基因的形成是由于第22号染色体和第9号染色体之间发生了一种特定的互换，即t(9;22)(q34;q11)，这种易位被称为费城染色体。在这个过程中，ABL基因的一部分从9号染色体转移到了22号染色体上的BCR基因旁边，形成了一个新的融合基因。

BCR-ABL融合蛋白具有异常的酪氨酸激酶活性，这种活性比正常的ABL蛋白要高得多。它能够持续激活多种细胞内信号传导途径，如PI3K/AKT、RAS/MAPK和JAK/STAT等通路，这些通路与细胞增殖、分化和存活密切相关。因此，BCR-ABL融合基因导致了造血干细胞的异常增生，形成了大量未成熟的粒细胞，并抑制了正常的细胞凋亡过程，这正是慢性粒细胞白血病的主要特征。

此外，这种持续激活的状态也使CML细胞对环境中的生长因子变得不敏感，从而能够在骨髓中不受控制地增长。随着病情的发展，这些异常的细胞会逐渐占据骨髓空间，影响正常造血功能，并可能进一步演变成急性白血病变种，即进入加速期或急变期。

临床上针对BCR-ABL融合基因开发了多种靶向治疗药物，如伊马替尼、达沙替尼等酪氨酸激酶抑制剂（TKIs），它们能够有效阻断BCR-ABL蛋白的活性，从而控制疾病进展。