金黄色葡萄球菌肺炎的确诊主要依赖于病史、临床表现以及实验室和影像学检查。其中，实验室检查在诊断中起着关键作用。以下是通过实验室检查确诊金黄色葡萄球菌肺炎的主要方法：
1. 痰液培养：这是最常用的检测方法之一。患者清晨深咳出的痰液样本被送往实验室，在特定的培养基上进行细菌培养。如果培养结果显示有金黄色葡萄球菌生长，且结合临床表现，则可初步诊断为金黄色葡萄球菌肺炎。
2. 血培养：对于病情严重或怀疑存在血行播散性感染的患者，可以通过采集血液样本进行血培养来检测是否有金黄色葡萄球菌。阳性结果对诊断有重要参考价值。
3. 肺泡灌洗液检查：通过支气管镜获取肺泡灌洗液，然后进行直接涂片染色（如革兰氏染色）和细菌培养。这种方法对于提高病原体检出率尤其有用，特别是在患者使用抗生素后或常规痰标本难以获得时。
4. 分子生物学检测：采用PCR等分子技术可以直接从临床样本中快速检测金黄色葡萄球菌特异性DNA序列，具有高灵敏度和特异性，适用于早期诊断及耐药基因监测。
5. 血清学检查：虽然单独使用血清学方法难以确诊急性感染，但可以作为辅助手段。如检测患者体内针对金黄色葡萄球菌的抗体水平变化趋势，有助于判断是否存在近期感染。

综合以上各项实验室检查结果，并结合患者的临床症状和影像学表现，医生可以做出准确的诊断并制定合理的治疗方案。