金黄色葡萄球菌肺炎在临床诊断中需要与其他一些肺部感染性疾病进行鉴别，主要包括：
1. 肺炎链球菌肺炎：这两种病原体引起的肺炎都可能出现高热、咳嗽等症状。但肺炎链球菌肺炎患者通常有剧烈的胸痛和咳铁锈色痰的特点。
2. 流感嗜血杆菌肺炎：流感嗜血杆菌感染同样可以引起急性呼吸道症状，如发热、寒战等，但是该病原体引起的肺部炎症反应相对较轻。
3. 其他革兰阳性球菌（如溶血性链球菌）或阴性杆菌（如克雷伯氏菌属、铜绿假单胞菌）所导致的肺炎：这些细菌感染也可能表现出类似的临床表现，需要通过病原学检查来区分。
4. 病毒性肺炎：例如腺病毒、呼吸道合胞病毒等引起的肺炎。这类疾病通常伴有明显的全身中毒症状和上呼吸道卡他性炎症的表现。
5. 肺结核：肺结核患者可能有长期低热、盗汗、消瘦等症状，且病程较长，影像学检查可见典型改变如空洞形成等。
6. 真菌性肺炎：真菌感染多见于免疫功能低下者，影像学上可表现为浸润影或球形阴影。

在实际临床工作中，医生会根据患者的流行病学史、临床表现以及实验室和影像学检查结果综合判断，并通过痰液培养等方法明确致病微生物以指导治疗。