先天性甲状腺功能减退（Congenital Hypothyroidism, CH）是一种新生儿常见的内分泌疾病，主要由甲状腺发育不良、异位或激素合成障碍等原因引起。遗传因素在先天性甲状腺功能减退的发生中起着重要作用，主要包括以下几种情况：
1. 甲状腺转录因子基因突变：如TSHR（促甲状腺激素受体）、PAX8、NKX2-1等基因的突变会影响甲状腺发育和功能。
2. 碘代谢相关酶缺陷：例如Pendred综合征，是由于SLC26A4基因突变导致的碘转运障碍，进而影响甲状腺激素合成。
3. 甲状腺过氧化物酶（TPO）缺乏或活性降低：TPO参与甲状腺激素前体物质酪氨酸残基上碘化过程，其缺陷可引起先天性甲减。
4. T4向T3转化障碍：如脱碘酶D2和D3的基因突变，影响了活性更高的T3生成。
5. 甲状腺球蛋白（TG）异常：TG是合成甲状腺激素的重要载体，其结构或功能异常也会导致CH的发生。
6. 其他罕见遗传综合症伴发的甲减：如DiGeorge综合征、Williams-Beuren综合征等，这些疾病往往伴有其他系统的多器官受累表现。

以上各种遗传因素均可单独或联合导致先天性甲状腺功能减退。对于疑似病例，应尽早进行新生儿筛查和基因检测以明确诊断，并给予及时有效的治疗。