在治疗由风湿性疾病引发的呼吸衰竭时，免疫抑制剂的选择需要基于患者的具体病情、并发症以及对药物的耐受性。常用的免疫抑制剂包括糖皮质激素（如泼尼松）、细胞毒性药物（如环磷酰胺）、生物制剂（如肿瘤坏死因子α拮抗剂）和靶向合成DMARDs（如托法替布）。具体选择如下：
1. 糖皮质激素：是治疗风湿性呼吸衰竭的一线用药，尤其是对于急性加重期的患者。它可以迅速减轻炎症反应，改善肺功能。
2. 细胞毒性药物：例如环磷酰胺，适用于对糖皮质激素反应不佳或不能耐受的重症患者，特别是那些有严重间质性肺病表现的病人。这类药物能有效抑制免疫细胞活性，减少自身抗体生成。
3. 生物制剂：如英夫利昔单抗、阿达木单抗等肿瘤坏死因子α拮抗剂，对于某些难治性的风湿性疾病相关呼吸衰竭可能有效。这些药物通过阻断特定的炎症介质来发挥作用。
4. 靶向合成DMARDs：比如托法替布，它是一种Janus激酶抑制剂，可以用于治疗类风湿关节炎等疾病相关的肺部受累情况。

在实际临床应用中，医生会根据患者的具体情况进行个体化治疗方案的设计。同时，在使用免疫抑制剂的过程中需要密切监测患者的血液学指标、肝肾功能及感染风险等因素，并及时调整治疗策略以确保安全性和有效性。