新生儿感染的主要病原体包括细菌、病毒、真菌和寄生虫等。其中，最常见的是细菌性感染。
1. 细菌：常见的致病菌有大肠杆菌、B群链球菌（GBS）、金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯菌、表皮葡萄球菌等。这些细菌可以引起新生儿败血症、脑膜炎、肺炎等多种疾病。
2. 病毒：如巨细胞病毒(CMV)、单纯疱疹病毒(HSV)、呼吸道合胞病毒(RSV)和风疹病毒等，可导致新生儿出现各种病毒感染症状，如发热、皮疹、肝脾肿大、呼吸困难等。
3. 真菌：主要为白色念珠菌，可引起口腔鹅口疮或消化道感染。
4. 寄生虫：较为少见，但也有报道如弓形虫感染等。
新生儿由于免疫系统发育不完善，对这些病原体的抵抗力较弱，因此容易发生感染。对于疑似感染的新生儿应尽快进行相关检查，并根据临床表现及实验室结果给予针对性治疗。
