先天性甲状腺功能减低症（简称先天性甲减）主要是由于胎儿期或新生儿期甲状腺发育异常、甲状腺激素合成障碍以及下丘脑-垂体-甲状腺轴调节失常等因素引起的。具体来说，可以分为以下几个方面：
1. 甲状腺不发育或者发育不良：这是最常见的原因，可能与遗传因素有关，也可能是由于胚胎发育过程中甲状腺组织未能正常迁移至颈部特定位置。
2. 甲状腺激素合成障碍：包括碘代谢异常、酶缺陷等导致甲状腺素不能正常生成的问题。例如，过氧化物酶缺乏症就是一种常见的遗传性甲状腺激素合成障碍疾病。
3. 垂体或下丘脑功能异常：如果垂体分泌的促甲状腺激素(TSH)不足或者下丘脑释放的促甲状腺激素释放激素(TRH)减少，都可能导致甲状腺刺激不足，从而引发甲减。
4. 母亲自身免疫性甲状腺病：母亲体内存在抗甲状腺抗体时，这些抗体会通过胎盘影响胎儿的甲状腺功能，导致新生儿出现暂时性的先天性甲减。
5. 遗传因素：部分先天性甲减患者有家族史，表明某些遗传基因突变可能增加患病风险。

总之，先天性甲减的发生是一个多因素综合作用的结果，涉及遗传、环境及内分泌系统等多个方面。对于疑似病例需要通过新生儿筛查和进一步的医学检查来确诊，并及时给予治疗以避免对儿童生长发育造成不良影响。