新生儿肠道菌群建立的关键期主要发生在出生后的最初几天至几周内，这一时期对于婴儿的健康发育至关重要。研究显示，胎儿在母体内时，其肠道几乎是无菌状态的，但随着分娩过程的进行，新生儿开始接触外界环境中的微生物，并通过多种途径获得初始的肠道菌群。
首先，在自然分娩过程中，婴儿经过母亲产道时会接触到母亲产道内的细菌，这些细菌成为婴儿最初获得的一批重要微生物。相比之下，剖宫产出生的婴儿则更多地从医院环境和母亲皮肤表面获取早期菌群。
其次，母乳喂养对新生儿肠道菌群的发展同样具有重要作用。母乳中不仅含有丰富的营养成分，还包含多种有益菌及促进其生长的低聚糖等物质，有助于建立健康的肠道微生态平衡。而配方奶虽然也能提供必要的营养支持，但在促进婴儿肠道微生物多样性方面可能不如母乳。
此外，在出生后的几周内，新生儿通过与周围环境的接触（如空气、水、玩具等）也会不断获得新的微生物种类，进一步丰富其肠道菌群结构。因此，这一时期被认为是新生儿肠道菌群建立的关键期，对于免疫系统成熟和长期健康有着深远的影响。
