靶向药物的选择主要基于以下几个方面：
1. 疾病特性：首先需要明确疾病的类型，比如是癌症、心血管疾病还是其他类型的疾病。不同的疾病可能有不同的病理机制和分子标志物，这些都将成为选择靶向药物的重要依据。
2. 分子靶点：靶向治疗的核心在于找到与疾病发生发展密切相关的特定蛋白质或基因作为靶点，如酪氨酸激酶受体、细胞周期调控蛋白等。理想的靶点应具有高度的特异性，并且其功能异常直接导致了疾病的产生或者促进了病情的发展。
3. 患者个体差异：考虑到患者的遗传背景、免疫状态等因素，同一种疾病在不同患者身上可能表现出不同的生物标志物谱型。因此，在选择靶向药物时还需要结合患者的实际情况进行个性化治疗方案的设计。
4. 药物特性：包括药物的药效学和药动学性质，如吸收、分布、代谢、排泄等过程的特点；以及药物的安全性、耐受性和给药方式等因素也会影响最终的选择。
5. 临床证据：最后，还需要参考大量的临床研究数据来验证某种靶向药物对于特定疾病的有效性和安全性。只有经过充分的科学评估后，才能将该药物应用于临床治疗中。

综上所述，选择合适的靶向药物需要综合考虑疾病的生物学基础、患者的个体特征以及药物本身的特性等多个方面的信息。