手术是惟一可能挽救生命的方法。近年来随着肠道外营养的广泛应用，治愈率较过去有明显提高。
治疗小肠闭锁Ⅱ、Ⅲ型，以切除近侧膨大的盲端，做端端吻合术最为理想。
十二指肠、空肠上段隔膜闭锁的病例，可行隔膜切除术。
十二指肠闭锁作十二指肠吻合术。
倒“丁”肠吻合造瘘术（BishoFKoop法）适用于高位空肠闭锁切除扩张肠段有困难时。
结肠或回肠远端闭锁合并肠穿孔、胎粪性腹膜炎，可行回肠双孔造瘘术。
术后保持恒定的温度和湿度、吸氧及持续胃肠减压。由于吻合口和远端小肠狭小，功能恢复较慢，故禁食时间需较长，应进行完全肠道外营养，注射抗生素，以防切口感染，保证有良好的愈合。
