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新生儿肠旋转不良的鉴别诊断，主要是先天性十二指肠闭锁、狭窄和环状胰腺，呕吐均带胆汁，在X线直立位平片上可见到2个高位液平面，而下腹无气者，可能为十二指肠闭锁，下腹有少量气体者则可能是环状胰腺或十二指肠狭窄或肠旋转不良，钡剂灌肠对确诊此病更有价值。
较大婴儿和儿童的肠旋转不良应与其他原因引起之十二指肠不完全性或间歇性梗阻相鉴别，如环状胰腺、十二指肠隔膜、肠系膜上动脉综合征等，钡餐和钡剂灌肠X线检查可提供很大帮助，若不能完全确诊，也应尽早剖腹探查。
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