新生儿期大便呈灰色或淡黄色，黄疸一般是在出生后1～2周开始逐渐显露，粪便在黄疸出现的同一时期，逐渐变淡，以后呈陶土样灰白色，相反，尿的颜色随着黄疸的加重而变深，有如红茶，将尿布染成黄色。黄疸出现后。通常即不消退，且日益加深，皮肤可因瘙痒而有抓痕，腹部异常膨隆，肝脏肿大显著，部分病例脾脏亦有肿大。腹壁静脉显露。极晚期病例，腹腔内可有一定量的腹水，说明胆汁性肝硬化已很严重。
全身情况：病孩的营养发育一般在3个月内尚无多大变化，体重与正常婴儿无甚差别，病程达4～5个月者，则外表虽可能尚好，但体格发育已开始变慢，精神萎靡，有些病例已表现出血倾向、皮肤淤斑、鼻衄等。由于血清中凝血因子Ⅱ（凝血酶原）减少的结果，各种脂溶性维生素缺乏的现象均可表现出来。未治疗的胆道闭锁患儿大多数在1岁左右，因肝硬化、门脉高压，发生肝昏迷而死亡。
