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胚胎第5周十二指肠和空肠上段已形成，此后肠管上皮细胞增生致使管腔阻塞，经过一个暂时性充实期。以后在闭塞的管腔内出现很多空泡，并逐渐扩大，到12周时彼此互相融合，肠腔又贯通。在胚胎第2～3个月中如发育停止即形成闭锁或狭窄。
空肠中下段及回肠在胚胎发育过程中，无暂时充实期存在。①机械性作用如肠扭转、肠套叠；②血管分支畸形、缺如；②胎儿期炎症，如胎粪性腹膜炎、胎儿坏死性小肠炎。这些因素使胎儿肠道局部血液循环发生障碍，使胎肠发生坏死、断裂或缺失而造成闭锁。
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