儿童巨结肠的诊断不难，有长期便秘和腹胀等体征就应想到此病。为确定诊断可作下列检查。
（1）钡剂灌肠X线检查：钡剂检查可见到差别明显的狭窄段和扩张段。
（2）肛管直肠测压法：测定直肠和肛管括约肌的反射性压力变化，对诊断HD和鉴别其他原因的便秘甚有价值。在正常小儿和功能性便秘，内括约肌立即发生反射性松弛，压力下降。在HD病儿，内括约肌非但不松弛，而且发生明显的收缩，压力增高，其收缩时间较外括约肌为长。此法在2周内新生儿可现假性结果。
（3）活体检查：直肠黏膜吸引活检，采用黏膜吸引活检钳在直肠后壁吸引摘取小块黏膜和黏膜下层组织，进行组织学检查或乙酰胆碱酯酶组织化学检查；当条件不许可时，也可作直肠后壁全层活检。
