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1．大体病理：睾丸常有不同程度的发育不全，体积明显小于健侧，质地松软。部分病例伴有睾丸、附睾发育异常，如睾丸与附睾分离，附睾头或输精管缺如。
2．组织学改变：主要是曲细精管病变，如曲细精管较细，精原细胞减少，曲细精管周围胶原组织增生。近年来的研究证明，无论是光镜或电镜检查，隐睾的病理在出生后的第二年起就有明显改变，38％患儿的睾丸没有生殖细胞。睾丸位置越高，组织发育越差。隐睾的间质细胞受累较轻。
对侧降至阴囊内的睾丸也可能有某种程度的发育畸形或交感性病变。
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