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是由于胚胎期原始间隔发育不全，左、右室之间存在的异常交通所致。室间隔缺损的血流动力学后果与缺损大小、两侧心窒压力阶差，及体、肺循环的阻力有关。若室间隔缺损较小，经缺损的左向右分流量不大，常不致引起右室及肺动脉高压；如室间隔缺损较大，左向右分流量大，则左室负荷增加，可逐步形成左室肥大；同时长期左向右分流可引起肺血管梗阻性病变、肺高压，右室负荷也增大，最终会引起右室肥大。在肺高压极度严重时，可产生右向左分流，患儿出现发绀，称为Eisenmenger综合征。
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