晚期血吸虫病患者长期反复感染未经有效病原治疗发展而致。临床表现主要与肝脏和肠壁纤维化有关。根据其主要临床表现，晚期血吸虫病可分为巨脾型、腹水型、结肠肉芽肿型和侏儒型。
1.巨脾型：为肝硬化门脉高压的表现，脾进行性肿大，可合并出血及腹水。
2.腹水型：腹水是晚期血吸虫病肝功能显著丧失代偿的表现。
3.结肠肉芽肿型：以结肠病变为突出表现。有经常性腹痛、腹泻、便秘或交替。肠壁虫卵肉芽肿纤维化、腺体增生、息肉形成，反复溃疡、继发感染等，致肠壁有新生物样块物形成、肠腔狭窄与梗阻。
4.侏儒型：儿童期反复感染血吸虫后，内分泌腺可出现不同程度萎缩和功能减退，以性腺和垂体功能不全最为明显。表现为垂体性侏儒。现少见。
