共识指南可帮助进行自身免疫性肝炎的诊断及管理，但其制定通常基于低质量的临床证据、相互矛盾的经验以及存在分歧的观点。在关键的决策点所提出的建议可能效果薄弱、有差异或不存在。

来自美国的A. J. Czaja近日发表论文，该研究判定针对决策点的指南中何处薄弱或不存在，并回顾决策过程中必要的证据。研究显示，共识指南在自身免疫性肝炎的诊断和管理方面充满不确定因素。每一个决策点都必须与当前可得的证据保持一致并使这些证据适用于个体患者。该文在线发表于2013年第4期38卷《营养药理学与治疗学》（Alimentary Pharmacology & Therapeutics）杂志上。

研究者利用PubMed回顾自1972～2013年间使用“自身免疫性肝炎”作为关键词发表的英文全文文献。个人经验与自身免疫性肝炎的调查研究也认定有重要价值医学教育网`搜集整理。

结果70%由美国肝脏病研究协会及48%由英国胃肠病学会发布的指南是基于低质量的证据、自相矛盾的经验或有分歧的观点。诊断中关键的不确定因素包括：肝活检的时机、急性重症疾病（爆发性）的识别、与之相应的非典型组织学改变、对非白种人患者非典型或疾病条件不充分的特点的适应、鉴别典型疾病中的药物诱导型及判别重叠综合征。管理中关键的不确定因素包括：治疗前硫代嘌呤甲基转移酶活性的检测、无症状轻型疾病的治疗、治疗终点的判定、非最佳疗效的管理、非标准药物合并使用如一线药物与抢救药物、在妊娠妇女中使用硫唑嘌呤及建立肝细胞肝癌的筛查。