①金黄色葡萄球菌肠炎：多继发于使用大量抗生素后。大便镜检有大量脓细胞和成簇的革兰阳性球菌，培养有金葡菌生长，凝固酶试验阳性。②假膜性小肠结肠炎：由难辨梭状芽胞杆菌引起医学|教育网搜集整理。大便可有假膜排出。对可疑病例可行直肠镜和乙状结肠镜检查。大便做厌氧菌培养、组织培养法检测细胞毒素可协助确诊。③真菌性肠炎：常为白色念珠菌所致，常伴鹅口疮。大便有时可见豆腐渣样细块（菌落），镜检可见真菌芽生细胞和假菌丝。做大便真菌培养进行鉴别。
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