胃肠道疾病的诊断和治疗需要采取经权衡过的，适应个体化的综合性治疗方法。医学/教育网搜集内镜，放射性核素扫描，血管造影，CT及MRI等检查虽有高度的精确性，但费用昂贵并具有致病危险，即便这样广泛检查仍有50%的有胃肠道主诉的患者被诊断为无结构异常的“功能性”疾病。因此，为了减少不必要的检查和制定有效的治疗方案，必须认真收集病史，进行全面的体格检查，并结合患者的生物学和社会心理因素进行综合考虑。
病史和体格检查仍是诊断的基础。病史的收集应采取交谈方式，鼓励患者自发地陈述症状，而不是直接的回答问题。交谈时应先提出一些简单的问题，然后才是需要说明的问题。根据这些资料，医师可通过进一步的提问，使诊断假设得以修正。只有在考虑某些特定的诊断时，才可提出让患者回答“是”或“不是”的问题。
针对性的体格检查将有助于鉴别诊断。如诉有柏油样黑便的患者在被体检时发现肝肿大，可将原先考虑的胃炎或消化性溃疡的诊断扩展为肝硬化合并食管静脉曲张或消化道癌肿的肝转移，并进一步提问患者的饮酒史，体重减轻或检查皮肤上的蜘蛛痣，从而作出更有针对性的诊断。
