各种病原生物如细菌、病毒、 螺旋体、寄生虫等对机体均有较强的免疫原性。微生物虽结构简单，但化学组成却相当复杂。因此， 微生物是一个含有多种抗原决定簇的天然抗原复合物。 以细菌为例，就具有表面抗原、鞭毛抗原、菌毛抗原、菌体抗原等， 这些抗原成份均可作为微生物鉴定、分型的依据，寄生虫的抗原结构则更为复杂。
病原生物的一些代谢产物也是良好的抗原，如细菌外毒素（ exotoxin）化学本质为蛋白质，具有很强的免疫原性， 能刺激机体产生相应的抗体即抗毒素（antitoxin）。外毒素经0.3%～0.4%甲醛处理后，可使其失去毒性而保留免疫原性，称为类毒素（toxoid）。 类毒素可作为人工自动免疫制剂，在预防相应疾病中起重要作用。
