按照功能，干细胞可分为全能干细胞和多能干细胞、专能干细胞。像受精卵就是最高层次的胚胎干细胞，是全能干细胞。根据细胞来源，干细胞可分为胚胎性干细胞和成体性干细胞。目前发现存在干细胞的组织包括：骨髓、外周血、脑、脊髓、血管、骨胳肌，肝、胰、角膜、视网膜等。
按照功能，干细胞可分为全能干细胞和多能干细胞、专能干细胞。像受精卵就是最高层次的胚胎干细胞，是全能干细胞。
多能干细胞，是一种或几种组织的起源细胞，它能分化出多种类型的细胞，但它不可能分化出足以构成完整个体的所有细胞。譬如造血干细胞，它能分化成红细胞、白细胞和血小板等12种血细胞。
专能干细胞来源于多能干细胞，具有向特定细胞系分化的能力，也称为祖细胞。它只能分化成某一种专门的细胞，譬如红细胞。
根据细胞来源，干细胞可分为胚胎性干细胞和成体性干细胞。
胚胎性干细胞通常是指源自囊胚内细胞团的ES细胞。
成体性干细胞是指组织或器官中的特异性干细胞，它们主要用于维持细胞功能的稳态，这些干细胞负责机体的更新和创伤的愈合。目前发现存在干细胞的组织包括：骨髓、外周血、脑、脊髓、血管、骨胳肌、肝、胰、角膜、视网膜等。
