本病是公认的器官特异性自身免疫病。其病因和发病机制没有完全清楚，目前认为与下列因素有关：
1、体液免疫在多数患者的血清和甲状腺组织内含有针对甲状腺抗原的抗体，已知的主要有甲状腺球蛋白抗体、甲状腺微粒体抗体、甲状腺细胞表面抗体、甲状腺胶质第二成分等。前两者具有临床实用价值。
2、细胞免疫患者循环血中总淋巴细胞和T淋巴细胞增多，刺激产生白细胞移动抑制因子，免疫活性细胞发生突变，抑制T细胞减少，B细胞失去抑制而更活跃，产生过量的抗体。当抗体医学教`育网搜集整理抗原结合时，形成的抗原抗体复合体覆盖在甲状腺细胞表面，K细胞与之结合而受到激活。K细胞是一种杀伤淋巴细胞，具有抗体依赖性细胞介导免疫的细胞毒作用，激活后释出细胞毒，造成甲状腺细胞的破坏。
3、遗传和免疫监护功能缺陷多病例说明同一家族中半数的同胞兄弟姊妹抗体水平显著升高，并发生多起桥本病。血液中抗甲状腺自身抗体检出率和滴度高。
