长期以来对盆腔脓肿的治疗主要依靠切开引流或将脓肿切除。由于广谱抗生素的不断出现，主要应用抗生素已成为另一种对某些盆腔脓肿的有效防治措施。
选用的药物应对厌氧菌（尤其是脆弱类杆菌）有效而且最好是广谱药。目前常用于治疗盆腔脓肿的药物是氯林可霉素，灭滴灵以及第三代的头孢菌素，如噻吩甲氧头孢菌素（cefoxitin）等（用药剂量见前）。厌氧菌对组织的破坏力甚大，使局部血循环受到损害以致药物很难达到病灶处。医学教育 网 搜集整理但有人发现氯林可霉素在脓肿内可达到较高的浓度，这是由于多核白细胞可以将此药带入脓肿中，从而使其发挥有效的作用。
药物的应用一般仅限于治疗较早期的输卵管卵巢脓肿。所谓治疗有效是指症状消失或缓解，体温降至正常、包块缩小且触痛已不明显。据报道药物治疗的有效率可达70%左右。但单纯使用药物治疗是否可达到根治目的，即包块完全消失，脓肿不再复发，则尚无定论。如经药物治疗，虽取得疗效，但所遗留的包块尚大时，常需再用手术将病灶切除。在药物治疗的过程中必需随时警惕脓肿破裂的可能。如脓肿突然发生自然性破裂，脓液大量溢入腹腔中，可以危及生命，此时必须立即进行手术治疗。
