甲状舌管囊肿和瘘为同一生长发育异常。囊肿系由胚胎期甲状腺舌管退化不全所形成，其因感染破溃或手术切开则形成瘘。
甲状舌管囊肿和瘘的胚胎学描述如下：
胚胎第三周时，在原口腔的咽底部第1～2对咽陷窝间的正中部分，形成了一个憩室样的甲状腺始基。此始基在喉前面沿正中线向下移行到颈部，其行径形成一条细长的导管，称为甲状腺舌导管。舌骨由两侧向正中发展，将导管包围或在导管的前、后方交汇，其下端形成甲状腺。在胚胎第五周时，甲状腺舌管退化为一条实性的纤维索医学教育`网搜集整理，在口腔端残留于舌根部盲孔。如果甲状腺舌管发育过程中两端闭合，中间未能完全退化，并仍能分泌黏液，就可在盲孔与胸骨切迹间，颈中线上的某一部位形成甲状舌管囊肿。
