流行性乙型脑炎的鉴别诊断主要包括以下内容：
（一）中毒型菌痢
本病亦多见于夏秋季，儿童多发，胃肠症状出现前即可有高热及神经症状（昏迷、惊厥），故易与乙脑混淆。但本病早期即有休克，一般无脑膜刺激征，脑脊液无改变，粪便或灌肠液可查见红细胞，脓细胞及吞噬细胞，培养有痢疾杆菌生长，可与乙脑相区别。
（二）化脓性脑膜炎
症状类似乙脑，但冬春季节多见，病情发展较快，重者病后1～2天内即可进入昏迷。流脑早期即可见淤点。肺炎球菌脑膜炎、链球菌脑膜炎以及其他化脓性脑膜炎多见于幼儿，常先有或同时伴有肺炎、中耳炎、乳突炎、鼻窦炎或皮肤化脓病灶，而乙脑则无原发病灶。必要时可查脑脊液鉴别。
（三）结核性脑膜炎
少数结核性脑膜炎患者发病急，早期脑脊液含量可不低，在医学教`育网搜集整理乙脑流行季节易误诊，但结脑病程长，有结核灶或结核病接触史，结核菌素试验大多阳性。结脑脑脊液外观呈磨玻璃样，白细胞分类以淋巴细胞为主，糖及氯化物含量减低，蛋白可增加；放置后脑脊液出现薄膜，涂片可找到结核杆菌。
