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本病发病机制不明，自死于该病的患者体内检出锥虫的阳性率并不高。目前有人提出其发病的自体免疫机制学说，认为在感染锥虫后，体内可产生自身反应性细胞毒性T淋巴细胞，后者可溶解宿主的正常细胞。
此外，针对心肌细胞肌浆网、医学教.育网搜集整理层纤蛋白及其他细胞成分的各种抗体也可能与Chagas心肌炎的发生有关。心脏副交感神经的去神经支配作用被认为可能是慢性Chagas病的原因。
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