中世纪的个体主义有其特殊意义。一个有意思的现象是，波普和哈耶克在追溯方法论个体主义的来源时，常常回到中世纪个体主义的特定形式上。
波普认为，方法论个体主义是唯名论传统的继续，而方法论本质主义或方法论整体主义则是唯实论传统的继续。“方法论的唯名主义者主张科学的任务仅只描述事物是怎样行动的”，以“这个物体是怎样行动”的方式提出问题，语词在此只是“有用的描述工具”。所以，方法论的唯名论是以经验为基础的科学方法。在社会理论中，它表现为“方法论的个体主义”。
这些论述表明，中世纪经院哲学的特定流派——唯名论，在方法论个体主义的形成中有特殊的地位。
