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主要包括细菌及细菌毒素、霉菌和霉菌毒素、病毒等。一些致病菌主要来自病人、病畜和带菌者。通过空气、土壤、水、食具、患者的手或排泄物污染食品。霉菌在自然界分布广泛，有病害的农作物、空气、土壤、及容器等都可使食品受到霉菌污染医学`教育网搜集整理。
微生物污染食品后，在适宜条件下，大量生长繁殖，引起腐败、霉烂和变质，使食品失去食用价值。在这一过程中，某些细菌或霉菌还可能产生各种危害健康的毒素，使人、畜发生急、慢性中毒。
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