依据典型的临床病史、肛门检查时发现的肛裂“三联征”，不难做出诊断。应注意与其他疾病引起的肛管溃疡相鉴别，如Crohn病、溃疡性结肠炎、结核、肛周肿瘤、梅毒医学教|育网搜集整理、软下疳等引起的肛周溃疡相鉴别，可以取活组织做病理检查以明确诊断。肛裂行肛门检查时，常会引起剧烈疼痛，有时需在局麻下进行。
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